就这样，又几日过去了。
因为使徒只剩下了最后一只，NERV总部内，那根紧绷的弦似乎暂时松懈了下来。
渚薰，作为SEELE送来的“援军”，以第四适格者的身份正式加入了NERV。
他被安排驾驶修复后的EVA二号机，名义上是为了应对那迟迟未出现的、最后的使徒。
银色的发丝，红宝石般的眼瞳，以及那仿佛不属于凡尘的微笑，都让他与显得是如此与众不同。
然而，最让人感到不可思议的，是他对碇真嗣近乎本能的亲近。
“你的存在，很美好。”
渚薰曾不止一次地在模拟训练后，对满身是汗的碇真嗣如此说道，声音清澈而真诚，
“就像音乐一样，值得被温柔以待。”
对于这份突如其来的善意，碇真嗣有些无措，但更多的是一种被认可的慰藉。
他将之归结为同为EVA驾驶员的某种共鸣，渐渐地，这个谜一般的少年，成为了他为数不多的朋友。
但平静的表象之下，暗流汹涌。
葛城美里的办公室内，烟灰缸早已堆满了烟蒂。
她这几天都没睡过好觉，双眼布满血丝，死死地盯着桌面上那个小小的芯片。
这是加持良治交给她的东西，像一个潘多拉的魔盒，里面承载着SEELE那足以颠覆整个世界认知的“人类补完计划”的真相。
她必须做点什么。
但以SEELE的力量，她又怎么能保证这个消息能传到能帮助她的人手中呢？
虽然加持说会没事的，有个相当靠谱的人正在解决这件事，但……
下一刻，刺耳的警报声瞬间撕裂了整个NERV总部的宁静！
“紧急警报！MAGI系统遭到外部入侵！”
“敌方来源确认！是NERV德国支部、美国支部的MAGI复制体！”
“它们在同时攻击‘CASPER’、‘BALTHASAR’、‘MELCHIOR’！这是协同攻击！”
指挥室内，所有人都被这突如其来的变故惊得呆立当场。
自己人攻击自己人？这到底是怎么回事？
“镇定！开启A-660防御壁！所有防火墙转入最高级别！追踪入侵源数据流，进行反向压制！”
赤木律子是第一个反应过来的人，双手在键盘上化作残影，冷静地指挥着数字世界的战争。
作为当今世界上最了解MAGI系统的人之一，赤木律子很快就稳定了局势。
但就在众人刚松了一口气的时候……
主屏幕上，联合国秘书长的面孔被强行切入，他的表情冷硬如铁，宣读着一份不容置喙的通牒。
“……NERV总司令碇源堂，涉嫌隐瞒情报，意图利用EVA引发第三次冲击，毁灭现有世界秩序，建立其个人独裁统治。
现联合国安全理事会一致决定，要求NERV立刻解除所有武装，放弃抵抗，接受全面调查！”
这番话如同一记重锤，狠狠砸在葛城美里的心上。
她瞬间明白了，这是SEELE的手段。恶人先告状！
对于那个隐藏在世界权力顶端，成员遍布各国政要的神秘组织而言，颠倒黑白，将NERV塑造成全人类的公敌，简直易如反掌。
可……为什么？
葛城美里的脑中闪过一丝强烈的违和感。
SEELE的目标是人类补完，为此他们需要使徒全部被消灭，然后利用初号机或者莉莉丝以及朗基努斯之枪来完成仪式。
可现在，最后的使徒明明还没有出现，他们为什么要在这种关键时刻掀桌子？
而且……从袭击开始到现在，碇司令和冬月副司令的人呢？指挥室里，竟然看不到他们的身影！
“警报！检测到高能量反应！在中央大垂直沟！是EVA！”
一名操作员的惊呼打断了她的思绪。
大屏幕上的画面瞬间切换，鲜红的EVA二号机，正以惊人的速度突破层层防御，如一颗陨石般向着地下最深处的终极教条区坠去！
“识别信号……Pattern Blue！是使徒！”
什么？！
看到屏幕中，站在二号机肩膀上的渚薰，葛城美里的瞳孔骤然收缩。
那个叫渚薰的少年……那个SEELE送进来的第四适格者……他就是最后的使徒？！
这一切，从一开始就是SEELE布下的局？
可这说不通！SEELE难道想主动将人类补完计划的主导权，拱手让给一个使徒吗？
混乱的思绪还未理清，更加绝望的景象出现了。
屏幕外的巨大舷窗上，倒映出数个白色的影子。
它们如同折翼的天使，又像是来自地狱的秃鹫，缓缓从天而降，降落在第三新东京市的废墟之上。
一共九台，正是在剧场版中出现的量产型EVA。
量产型EVA落地之后，便开始配合联合国的军队开始破坏起nerv的设施。
“靠！”
葛城美里再也无法保持冷静，直接爆了粗口，
“快让初号机出击！目标优先处理地下的使徒！”
联合国那边或许还有谈判的余地，但使徒……使徒是无法沟通的绝对之敌！
“不行！出击失败！”
“MAGI的防火墙被攻破了！我们失去了最高指令权限！无法执行出击程序！”
赤木律子死死地盯着屏幕上不断崩溃的数据流，额头上渗出了细密的冷汗。
她设计的MAGI，她母亲心血的结晶，此刻却像一个被剥光了衣服的孩童，在敌人面前毫无还手之力。
这个世界上，比她更了解MAGI，能做到这种事情的人，应该只有一个才对？
但那个人不是已经死了吗？
“这到底……是怎么回事啊！！！”
……
与此同时，NERV地下最深处，终极教条。
广阔得如同地下神殿的空间里，一片死寂。
红色的LCL之海如血池般蔓延，而在中央，一个白色的巨人被钉在巨大的红色十字架上。
“原来如此……”
渚薰轻声呢喃，红色的瞳孔中倒映着巨人的身影，
“莉莉丝……张启，你没有说谎。”
下一刻，异变陡生！
二号机的操作系统界面瞬间变成一片血红，所有的控制权都在一刹那被剥夺。
EVA二号机伸出巨大的机械臂，一把将半空的渚薰攥在了掌心！
剧烈的震动和压迫感袭来，但渚薰的脸上却没有丝毫的惊慌。
他甚至露出了一丝了然的微笑，那笑容带着些许嘲弄。
“原来如此，是藏在机体核心里的傀儡系统吗？靠着这个来摆脱我的控制……
SEELE的剧本，NERV的剧本……你们人类，对此还真是乐此不疲啊……”
一边说着，一边望向下方那片深邃的阴影。
脚步声缓缓响起。
一个男人从阴影里，一步步走了出来。
他穿着NERV的制服，白色的手套一丝不苟，镜片下的眼神，比这地下的万年寒冰还要冷酷。
正是NERV的总司令，碇源堂。