三号机事件的余波，如同投入平静湖面的巨石，在NERV内部掀起了经久不息的涟漪。
战后清理工作紧张而有序地进行着。
被力场尖刺贯穿得千疮百孔的二号机，与那台彻底沉寂的黑色三号机，一同被运回了格纳库深处。
跟着，一份来自医疗部门的紧急报告，让指挥室里刚刚松弛下来的空气再度凝固。
报告上的数据冰冷而刺眼：三号机内部的使徒反应，在机体停止活动后，彻底消失了。
但几乎在同一时间，一个完全相同的、高能量的使徒信号，出现在了被救出的驾驶员——明日香的身上。
这个发现让所有人不寒而栗。
赤木律子推了推眼镜，镜片反射着屏幕上复杂的数据流，语气是前所未有的凝重：
“使徒的核心……或者说，它的本质，已经与明日香的生命信息完全融合。
她不再是单纯的被寄生，而是成为了使徒本身。”
最终，在碇源堂的默许下，NERV以最高等级的医疗观察为名，将尚在昏迷中的明日香转移到了位于地下最深处的隔离病房。
那里与其说是病房，不如说是一个用以收容最高级别危险目标的牢笼。
葛城美里站在隔离区的观察窗外，看着玻璃另一侧躺在病床上，身上连接着无数监护仪器的少女，指甲深深掐进了掌心。
她无法接受这个结果，更无法忍受这种被蒙在鼓里，眼睁睁看着孩子们一个个走向深渊的无力感。
她猛地转身，大步流星地离开了压抑的地下设施，她知道，有一个人一定知道答案。
夜色下的第三新东京市，霓虹闪烁，却掩盖不住空气中弥漫的紧张气息。
葛城美里在一个僻静的地下酒吧角落里，找到了正在独自饮酒的加持良治。
她没有多余的废话，直接将一把手枪拍在了桌子上，金属与木头碰撞发出沉闷的声响。
“SEELE的真相，还有EVA与使徒背后的一切……现在，全部告诉我。”
葛城美里的声音不大，却带着不容置疑的决绝，
“我受够了，加持。”
加持良治看着她眼中燃烧的火焰，沉默了许久，最终发出一声长叹。
他知道，这一天迟早会来。
他将杯中的酒一饮而尽，然后将一个芯片交给了葛城美里……
……
与此同时，由十二块黑色石碑构成的虚拟会议室里，SEELE正因明日香的异变而掀起轩然大波。
“一个人类，竟然获得了S2机关？同时具备了智慧果实与生命果实……这等同于……神！”
“不可理喻！如果连如此脆弱的人类都能轻易触及神的领域，那我们一直以来的谋划，我们舍弃肉身所追求的终极进化，又有什么意义！”
“必须立刻处理掉那个女孩！她是不应存在的变数！”
激烈的争论回荡在空旷的空间里，直到议长基路·洛仑兹那低沉的声音响起，才让喧嚣为之一滞。
“诸位，请冷静。”
基路的声音带着一种奇异的安抚力量，
“类似的例子，我们并非没有见过。
无论是承载着莉莉丝灵魂的二号复制人，还是即将苏醒的‘他’，都证明了灵魂与‘果实’的融合是可能的。
明日香的存在只是一个不可复制的奇迹……”
“这个案例的出现，恰恰证明了碇源堂的计划正在偏离我们的轨道。
他似乎总能得到我们意料之外的‘惊喜’。
比起一个被收容的女孩，我们现在更应该关注的，是NERV的动向，以及碇源堂下一步的棋。”
在张启的暗中操控下，基路·洛仑兹巧妙地将众人的恐慌引向了另一个方向。
他的话语成功地转移了焦点。SEELE的成员们陷入了沉思。
从结果来看，他们这次针对NERV的施压确实取得了成效。
EVA初号机被冻结封存，二号机在战斗中严重受损，短期内无法修复，其驾驶员明日香更是直接被当做“使徒”隔离。
现在NERV能动用的战力，只剩下了绫波丽和她的零号机。这无疑是巨大的削弱。
“监视碇源堂，”
基路·洛仑兹做出了最终裁决，
“在我们的计划完成之前，绝不能再出现任何不可控的因素。”
会议结束，虚假的和平再次降临。
但在这份死寂的和平之下，是更加汹涌的暗流。
面对SEELE步步紧逼的压制，碇源堂不动声色地展开了反击。
数周后，第十五使徒“鸟天使”出现在地球的卫星轨道上，任何EVA都无法靠近。
碇源堂以此为由，直接先斩后奏的使用了朗基努斯之枪。
不等SEELE批准，就命令绫波丽驾驶零号机，将那柄巨大的红色螺旋长枪，以雷霆万钧之势投向了宇宙。
长枪精准地贯穿了鸟天使的.力场，将其钉死在了月球表面，也使得这件神造之物，暂时脱离了所有人的掌控。
SEELE自然以此为由责问碇源堂，因为这基本上就意味着这家伙已经和他们撕破脸皮了。
但面对SEELE的责问，碇源堂却表现得有恃无恐，给出了理由也很充分，除了使用朗基努斯之枪他也没有别的办法。
最后还不等这件事情吵出结果，名为力天使的使徒袭来。
并且以绝对的优势直接瞬杀零号机。
然后以压倒性的力量撕开层层装甲，直逼NERV本部。
碇源堂以零号机失去战斗力为由，强行解除了初号机的封印。
“去吧，真嗣。这一次，向我们证明你的觉悟。”
再度坐上驾驶座的碇真嗣，眼神早已不复当初的迷茫与怯懦。
面对强大的力天使，他没有退缩，更没有依赖暴走。
最终经历了一番惨烈的战斗之后，初号机终结了力天使的生命。
远在SEELE的权力中心，张启透过基路的眼睛，注视着这一切。
碇源堂的反击，SEELE的猜忌，一切都如他所预料般上演。
这段时间，他利用基路的身份，已经悄无声息地收集到了大量SEELE的罪证实录，以及所有核心成员的真实身份与藏身之所。
万事俱备，只欠最后一步。
一个能将这些高高在上的“家伙”一网打尽的契机。
为此，他需要一个关键的“引子”。
借助基路·洛仑兹议长的最高权限，张启畅通无阻地进入了SEELE位于美利坚的基地的核心研究设施。
这里一片纯白，空气中弥漫着LCL的淡淡甜腥味，安静得仿佛一片墓地。
穿过层层验证的白色长廊，他来到一处巨大的圆形培养槽前。
透明的容器中，浸泡着淡黄色的液体，一个银色头发的少年赤裸着身体，双眼紧闭，安静地悬浮在其中，仿佛一个沉睡的天使。
这就是最后的关键人物。
是终结，亦是开始。
容纳了第一使徒亚当灵魂，被SEELE视作最后王牌的少年。
第十七使徒，自由天使——渚薰。